J Plant Biotechnol 2021; 48(3): 131-138
Published online September 30, 2021
https://doi.org/10.5010/JPB.2021.48.3.131
© The Korean Society of Plant Biotechnology
이신우・신용욱・김윤희
경상국립대학교 생명과학대학 항노화신소재과학과
경상국립대학교 사범대학 생물교육과 (농업생명과학연구원)
Correspondence to : e-mail: cefle@gnu.ac.kr
This is an Open-Access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution Non-Commercial License (http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0) which permits unrestricted non-commercial use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original work is properly cited.
Erratum: J Plant Biotechnol (2022) 49:2 https://doi.org/10.5010/JPB.2022.49.1.002
We reviewed current research trends for discriminating between species of the Angelica genus, a group of important medicinal plants registered in South Korea, China, and Japan. Since the registered species for medicinal purposes differ by country, they are often adulterated as well as mixed in commercial markets. Several DNA technologies have been applied to distinguish between species. However, one of the restrictions is insufficient single-nucleotide polymorphisms (SNPs) within the target DNA fragments; in particular, among closely-related species. Recently, amplification refractory mutation system (ARMS)-PCR and highresolution melting (HRM) curve analysis techniques have been developed to solve such a problem. We applied both technologies, and found they were able to discriminate several lines of Angelica genus, including A. gigas Nakai, A. gigas Jiri, A. sinensis, A. acutiloba Kitag, and Levisticum officinale. Furthermore, although the ITS region differs only by one SNP between A. gigas Nakai and A. gigas Jiri, both HRM and ARMS-PCR techniques were powerful enough to discriminate between them. Since both A. gigas Nakai and A. gigas Jiri are native species to South Korea and are very closely related, they are difficult to discriminate by their morphological characteristics. For practical applications of these technologies, further research is necessary with various materials, such as dried or processed materials (jam, jelly, juice, medicinal decoctions, etc.) in commercial markets.
Keywords Angelica genus, DNA barcoding, ARMS-PCR, HRM curve
대한민국의 약전에서는 참당귀(
최근에는 유럽에서 향신료로 사용되고 있는 구당귀(歐當歸.
실제로, 구당귀는 중국산 독활의 기원식물인 중치모당귀(
우리나라에서 ‘전호’라고 불리우는 한약재는 당귀속에 속하는 식물인 바디나물로서 “
이러한 문제점을 해결하기 위하여 Sung 등 (2004)은 형태학적으로 피층에 유실 세포가 없으면 일당귀, 코르크층 아래에 후각 세포층이 잘 발달하면 참당귀, 후각 세포층이 발달하지 않으면 중국 당귀로 판별이 가능하다고 보고한 바 있으며, Kim 등(2011)은 지표성분의 분석 연구를 통하여 참당귀는 coumarin으로서 decursin과 그의 이성질체인 decursinol angelate, 중국당귀와 일당귀는 정유 성분으로서 z-ligustilide, n-butylidenephthalide, 유기산으로 ferulic acid가 주된 성분이라는 연구 결과를 발표한 바 있다. Lee 등(2000)은 참당귀, 중국당귀 및 일당귀에 대하여 뿌리 단면의 내부구조를 비교함과 동시에 RAPD 마커들을 개발하여 이들 3종을 판별하기 위한 연구 결과를 발표한 바 있다.
당귀속 식물의 기원 분석에 관한 초창기 연구는 Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP), Amplified Fragment Length Ploymorphism (AFLP), Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD), Inter-Simple Sequence Repeat (ISSR) 마커, Microsatellite 마커, Sequence Characterized Amplified Region (SCAR) 마커, Simple Sequence Repeat (SSR) 등의 기술을 적용한 DNA finger printing의 차이를 이용하는 연구가 주로 발표되었다. 이들의 연구 결과들을 Table 1에 요약하였다.
Table 1 . List of DNA fingerprinting technology applied to discriminate between
Species | Applied techniques | Major results | Reference |
---|---|---|---|
Nucleotide sequence of ITS region | Identified SNPs within ITS region. | Zhang et al. 2003 | |
Nucleotide sequence of 5S-rRNA spacer region | Identified SNPs within 5S-rRNA spacer region. | Zhao et al. 2003 | |
PCR-mediated fingerprinting, Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) | Identified the Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) among species. | Choi et al. 2004 | |
Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD), inter-simple sequence repeat (ISSR) marker | Differentiated | Mei et al. 2015 | |
Sequence-characterized amplified region (SCAR), RAPD | Identified typical SCAR and RAPD patterns of | Zhang et al. 2015 | |
Microsatellite marker | Analyzed microsatellite markers of 120 samples of | Lu et al. 2015 | |
SCAR marker | Identified a typical SCAR marker for | Noh et al. 2018 | |
Simple sequence repeat (SSR) marker | Identified a typical SSR marker for 56 samples of | Chen et al. 2019 | |
Microsatellite marker | Identified a typical microsatellite marker (Locus AD7) for the discrimination of | Liu et al. 2020a | |
SSR marker | Analyzed SSR markers using transcriptome with 208 samples of | Liu et al. 2020b |
당귀속 식물의 기원을 밝히기 위한 분자생물학적 연구 결과를 최초로 보고한 그룹은 Mizukami 등(1997)이었다. 일본의 여러 지역에서 자생하고 있는 일당귀로
Mei 등(2015)과 Zhang 등(2015)은 중국의 다양한 지역에서 수집된 당귀 재배종(중국당귀)을 일당귀 및 구당귀와의 상호구분이 가능한 RAPD, ISSR, SCAR 마커를 보고 하였으며, Lu 등(2015)은 중국의 다양한 지역에서 수집한 당귀를 대상으로 계통들의 그룹이 가능한 microsatellite 마커에 관한 결과를 보고하였다. Noh 등(2018)은 SCAR 마커 분석을 통하여 한국 및 중국 약재시장에서 수집한 구릿대(
DNA barcoding 기술은 DNA fingerprinting 기술의 단점을 보완하기 위하여 개발된 것으로 단일염기다형성(single nucleotide polymorphism, SNP)를 이용하여 제작한 PCR용 판별 마커를 개발하는 기술이다. 동 기술을 적용하여 한약재로 사용되는 당귀 속 식물들로서 우리나라와 중국, 일본 등에서 가장 흔하게 적발되는 혼용사례에 대비하기 위한 연구 결과들을 요약하여 Table 2에 제시하였다.
Table 2 . List of DNA barcoding technology applied to discriminate between
Species | Markers | Major results | Reference |
---|---|---|---|
SCAR marker in | Choo et al. 2009 | ||
ITS marker for the authentication of | Feng et al. 2010 | ||
Identified several SNPs within | He et al. 2012 | ||
Identified powerful SNP markers within | Yuan et al. 2015 | ||
Discriminated | Kim et al. 2016 | ||
Discriminated the adulterant of Qianhu ( | Han et al. 2017 | ||
LYCE indel marker | Developed an indel marker that is able to discriminate | Park et al. 2019 |
Choo 등(2009)은 전호(
He 등(2012)은 형태학적으로 유사할 뿐만 아니라 이름도 비슷하여 중국 내에서도 혼용 사레가 빈번한 것으로 알려진 개구릿대(
Kim 등(2016)은 독활(
Han 등 (2017)은 중국에서 오래전부터 전통중의약재(Traditional Chinese Medicine)로 사용되어온 전호(
Park 등(2019)은 궁궁이(
ARMS-PCR은 바이러스 또는 세균의 유전체 서열 내 점돌연변이가 일어난 대립유전자(allele)를 효율적으로 확인하기 위하여 개발된 기술이다(Newton et al. 1989). 일반적으로 단 하나의 점돌연변이가 일어난 대립유전자를 확인하고자 점돌연변이가 일어난 염기서열을 3말단에 위치하게 하여 프라이머를 제작하여 PCR 증폭 실험을 수행하는 경우, 기질 특이성이 낮아 다양한 유사 밴드가 나타나 allele-specific 밴드만 판별하기가 어려운 경우가 많아 allele-specific 바코드를 개발하는데 가장 큰 걸림돌이 되어 왔다. 따라서, allele-specific (AS)-PCR이라고도 명명된 ARMS-PCR기술은 단 하나의 점돌연변이가 일어난 3말단 염기에 인접한 2, 3, 4번째 염기를 임의로 다른 염기로 변이를 시켜, 점돌연변이가 일어난 allele의 경우 1개의 mistching이지만 야생형 allele의 경우 2개의 mismatching이 되도록 하여 그만큼 기질 특이성을 향상시켜 판별력을 높일 수 있도록 고안한 기술이다. 또한, 피리미딘과 퓨린염기 중 어떤 염기로 변이를 유도하느냐에 따라 allele-specific 밴드의 판별력에 변이가 크므로 수많은 조합의 프라이머를 제작하여 실험을 수행하여 가장 적합한 조합을 찾아야 한다.
따라서, Han 등(2016b)도 시장에서 혼·오용으로 문제가 대두되고 있는 대표적인 약용작물로 하수오(
이러한 선행연구 경험을 이용하여 저자들은 국내·외에서 수집한 당귀 계통에 대한 ARMS-PCR용 판별 마커를 개발할 수 있었다. 국내 자생종인 참당귀(
HRM curve 패턴 분석기술은 온도에 따라 DNA가 보유하고 있는 고유의 녹는점(melting temperature, Tm)을 이용하여 온도에 따른 meting curve 패턴을 상호 비교하여 판별하는 기술로 post-PCR melting curve 분석 기술이라고도 한다(Han et al. 2015; Kim et al. 2018). 판별하고자 하는 종의 특정 유전자 단편 내 단일염기다형성을 확인한 다음 가장 많은 단일염기다형성을 포함하도록 하여 약 200 bp가 증폭될 수 있는 범용 프라이머를 제작하여 분석하고자 하는 계통들의 염색체 DNA를 주형으로 하여 먼저 목표 DNA를 증폭한다. 이때 PCR 반응용액에 형광염색물질(C Green PLUS, Eva green, SYT09, ResoLight 등)을 넣고 초당 0.01~0.2℃씩 서서히 온도를 올리면서 나타나는 발색 정도를 조사한 melting curve 패턴을 상호 비교하면 단 하나의 단일염기다형성을 갖고 있는 DNA 단편의 판별도 가능하다.
HRM curve 패턴 분석기술을 이용하여 하수오(
이러한 선행연구 경험을 이용하여 이 등(2021b)은 국내·외에서 수집한 당귀 계통에 대하여 역시 ITS 영역의 단일염기다형성을 확인한 후 이를 포함하는 약 200 bp 단편을 대상으로 HRM curve 패턴을 비교한 결과 국내 자생종을 포함하여 중국당귀, 일당귀 및 구당귀의 판별이 가능하였다. 특히 국내 자생종인 참당귀와 세발 당귀는 단 하나의 단일염기다형성을 포함하였으나 확연하게 다른 패턴을 나타내어 동 기술의 민감도와 정확도를 확인할 수 있었다. 나아가 수집된 각각의 시료들로부터 분리한 DNA를 대상으로 농도별로 HRM curve 패턴을 비교 조사한 결과 미지의 시료에 대한 농도를 예측할 수 있는 표준곡선의 개발이 가능한 것으로 조사 되었다. 뿐만 아니라, 참당귀의 DNA에 중국당귀, 일당귀, 구당귀 등의 DNA를 동일한 비율로 혼합한 시료와 일정 농도의 다른 당귀 계통을 혼합한 시료를 대상으로 조사한 결과, melting curve 패턴이 참당귀의 단일 DNA를 사용한 경우에 비하여 상대적으로 낮아지는 현상도 확인하였다. 이러한 패턴을 참당귀의 농도별 표준곡선과 비교하면 다른 계통의 혼재 여부와 혼입 농도의 확인도 가능할 것으로 조사되었다.
이상의 연구 결과들을 종합하여 보면 당귀 속에 속하는 참당귀(
본 리뷰에서는 우리나라, 중국, 일본 등에서 각각 그 기원식물을 달리하는 당귀 속 식물 계통의 기원 계통을 판별하기 위한 DNA barcoding 기술의 발전현황에 관하여 조사하였다. 약용작물들에 대한 종의 기원을 판별하기 위하여 단일염기다형성을 이용한 DNA 바코드의 개발에 관한 연구가 활발하게 진행되어왔다. 그러나 가까운 근연종간에는 단일염기다형성을 보이는 염기의 수가 많지 않아 어려움이 있었다. 이러한 문제점을 해결하기 위하여 ARMS-PCR 및 HRM curve 패턴 비교 분석기술 등이 개발되었다. 이들 기술을 적용하여 국내 자생종 및 국외에서 수집된 당귀 계통들에 대하여 이들의 기원을 판별 할 수 있는 조건이 확립되었다. 특히 단 하나의 단일염기다형성을 보이는 국내 자생종인 참당귀와 세발당귀의 판별이 가능하여 향후 현장에 적용이 가능한 실용화 연구가 필요한 것으로 조사되었다. 그러나 이들 연구 결과는 그 기원이 확인된 계통의 시료들을 대상으로 분리한 순수 DNA를 대상으로 조사한 결과로, 현장에서 실용화하기에는 아직 보다 많은 연구가 필요하다. 실제로 일정한 비율로 혼합한 계통들을 대상으로 분리한 DNA를 대상으로 한 후속 연구가 필요하다. 또한, 수확 후 가공 및 처리 방법에 따른 시료들에 대한 후속 연구도 필요하다. 당귀와 같은 약용작물은 건조한 시료, 다양한 가공제품(잼, 잴리, 쥬스 등), 약탕(탕재) 등으로 유통이 되기 때문에 이들에 대한 시료별 적용 가능성에 대한 연구도 필요한 것으로 조사되었다.
J Plant Biotechnol 2021; 48(3): 131-138
Published online September 30, 2021 https://doi.org/10.5010/JPB.2021.48.3.131
Copyright © The Korean Society of Plant Biotechnology.
이신우・신용욱・김윤희
경상국립대학교 생명과학대학 항노화신소재과학과
경상국립대학교 사범대학 생물교육과 (농업생명과학연구원)
Shin-Woo Lee ・Yong-Wook Shin ・Yun-Hee Kim
(Department of Plant & Biomaterials Science,Chilam Campus, Gyeongsang National University, Jinju 52828, Korea)
(Department of Biology Education, College of Education, IALS, Gyeongsang National University, Jinju 52828, Korea)
Correspondence to:e-mail: cefle@gnu.ac.kr
This is an Open-Access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution Non-Commercial License (http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0) which permits unrestricted non-commercial use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original work is properly cited.
Erratum: J Plant Biotechnol (2022) 49:2 https://doi.org/10.5010/JPB.2022.49.1.002
We reviewed current research trends for discriminating between species of the Angelica genus, a group of important medicinal plants registered in South Korea, China, and Japan. Since the registered species for medicinal purposes differ by country, they are often adulterated as well as mixed in commercial markets. Several DNA technologies have been applied to distinguish between species. However, one of the restrictions is insufficient single-nucleotide polymorphisms (SNPs) within the target DNA fragments; in particular, among closely-related species. Recently, amplification refractory mutation system (ARMS)-PCR and highresolution melting (HRM) curve analysis techniques have been developed to solve such a problem. We applied both technologies, and found they were able to discriminate several lines of Angelica genus, including A. gigas Nakai, A. gigas Jiri, A. sinensis, A. acutiloba Kitag, and Levisticum officinale. Furthermore, although the ITS region differs only by one SNP between A. gigas Nakai and A. gigas Jiri, both HRM and ARMS-PCR techniques were powerful enough to discriminate between them. Since both A. gigas Nakai and A. gigas Jiri are native species to South Korea and are very closely related, they are difficult to discriminate by their morphological characteristics. For practical applications of these technologies, further research is necessary with various materials, such as dried or processed materials (jam, jelly, juice, medicinal decoctions, etc.) in commercial markets.
Keywords: Angelica genus, DNA barcoding, ARMS-PCR, HRM curve
대한민국의 약전에서는 참당귀(
최근에는 유럽에서 향신료로 사용되고 있는 구당귀(歐當歸.
실제로, 구당귀는 중국산 독활의 기원식물인 중치모당귀(
우리나라에서 ‘전호’라고 불리우는 한약재는 당귀속에 속하는 식물인 바디나물로서 “
이러한 문제점을 해결하기 위하여 Sung 등 (2004)은 형태학적으로 피층에 유실 세포가 없으면 일당귀, 코르크층 아래에 후각 세포층이 잘 발달하면 참당귀, 후각 세포층이 발달하지 않으면 중국 당귀로 판별이 가능하다고 보고한 바 있으며, Kim 등(2011)은 지표성분의 분석 연구를 통하여 참당귀는 coumarin으로서 decursin과 그의 이성질체인 decursinol angelate, 중국당귀와 일당귀는 정유 성분으로서 z-ligustilide, n-butylidenephthalide, 유기산으로 ferulic acid가 주된 성분이라는 연구 결과를 발표한 바 있다. Lee 등(2000)은 참당귀, 중국당귀 및 일당귀에 대하여 뿌리 단면의 내부구조를 비교함과 동시에 RAPD 마커들을 개발하여 이들 3종을 판별하기 위한 연구 결과를 발표한 바 있다.
당귀속 식물의 기원 분석에 관한 초창기 연구는 Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP), Amplified Fragment Length Ploymorphism (AFLP), Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD), Inter-Simple Sequence Repeat (ISSR) 마커, Microsatellite 마커, Sequence Characterized Amplified Region (SCAR) 마커, Simple Sequence Repeat (SSR) 등의 기술을 적용한 DNA finger printing의 차이를 이용하는 연구가 주로 발표되었다. 이들의 연구 결과들을 Table 1에 요약하였다.
Table 1 . List of DNA fingerprinting technology applied to discriminate between
Species | Applied techniques | Major results | Reference |
---|---|---|---|
Nucleotide sequence of ITS region | Identified SNPs within ITS region. | Zhang et al. 2003 | |
Nucleotide sequence of 5S-rRNA spacer region | Identified SNPs within 5S-rRNA spacer region. | Zhao et al. 2003 | |
PCR-mediated fingerprinting, Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) | Identified the Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) among species. | Choi et al. 2004 | |
Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD), inter-simple sequence repeat (ISSR) marker | Differentiated | Mei et al. 2015 | |
Sequence-characterized amplified region (SCAR), RAPD | Identified typical SCAR and RAPD patterns of | Zhang et al. 2015 | |
Microsatellite marker | Analyzed microsatellite markers of 120 samples of | Lu et al. 2015 | |
SCAR marker | Identified a typical SCAR marker for | Noh et al. 2018 | |
Simple sequence repeat (SSR) marker | Identified a typical SSR marker for 56 samples of | Chen et al. 2019 | |
Microsatellite marker | Identified a typical microsatellite marker (Locus AD7) for the discrimination of | Liu et al. 2020a | |
SSR marker | Analyzed SSR markers using transcriptome with 208 samples of | Liu et al. 2020b |
당귀속 식물의 기원을 밝히기 위한 분자생물학적 연구 결과를 최초로 보고한 그룹은 Mizukami 등(1997)이었다. 일본의 여러 지역에서 자생하고 있는 일당귀로
Mei 등(2015)과 Zhang 등(2015)은 중국의 다양한 지역에서 수집된 당귀 재배종(중국당귀)을 일당귀 및 구당귀와의 상호구분이 가능한 RAPD, ISSR, SCAR 마커를 보고 하였으며, Lu 등(2015)은 중국의 다양한 지역에서 수집한 당귀를 대상으로 계통들의 그룹이 가능한 microsatellite 마커에 관한 결과를 보고하였다. Noh 등(2018)은 SCAR 마커 분석을 통하여 한국 및 중국 약재시장에서 수집한 구릿대(
DNA barcoding 기술은 DNA fingerprinting 기술의 단점을 보완하기 위하여 개발된 것으로 단일염기다형성(single nucleotide polymorphism, SNP)를 이용하여 제작한 PCR용 판별 마커를 개발하는 기술이다. 동 기술을 적용하여 한약재로 사용되는 당귀 속 식물들로서 우리나라와 중국, 일본 등에서 가장 흔하게 적발되는 혼용사례에 대비하기 위한 연구 결과들을 요약하여 Table 2에 제시하였다.
Table 2 . List of DNA barcoding technology applied to discriminate between
Species | Markers | Major results | Reference |
---|---|---|---|
SCAR marker in | Choo et al. 2009 | ||
ITS marker for the authentication of | Feng et al. 2010 | ||
Identified several SNPs within | He et al. 2012 | ||
Identified powerful SNP markers within | Yuan et al. 2015 | ||
Discriminated | Kim et al. 2016 | ||
Discriminated the adulterant of Qianhu ( | Han et al. 2017 | ||
LYCE indel marker | Developed an indel marker that is able to discriminate | Park et al. 2019 |
Choo 등(2009)은 전호(
He 등(2012)은 형태학적으로 유사할 뿐만 아니라 이름도 비슷하여 중국 내에서도 혼용 사레가 빈번한 것으로 알려진 개구릿대(
Kim 등(2016)은 독활(
Han 등 (2017)은 중국에서 오래전부터 전통중의약재(Traditional Chinese Medicine)로 사용되어온 전호(
Park 등(2019)은 궁궁이(
ARMS-PCR은 바이러스 또는 세균의 유전체 서열 내 점돌연변이가 일어난 대립유전자(allele)를 효율적으로 확인하기 위하여 개발된 기술이다(Newton et al. 1989). 일반적으로 단 하나의 점돌연변이가 일어난 대립유전자를 확인하고자 점돌연변이가 일어난 염기서열을 3말단에 위치하게 하여 프라이머를 제작하여 PCR 증폭 실험을 수행하는 경우, 기질 특이성이 낮아 다양한 유사 밴드가 나타나 allele-specific 밴드만 판별하기가 어려운 경우가 많아 allele-specific 바코드를 개발하는데 가장 큰 걸림돌이 되어 왔다. 따라서, allele-specific (AS)-PCR이라고도 명명된 ARMS-PCR기술은 단 하나의 점돌연변이가 일어난 3말단 염기에 인접한 2, 3, 4번째 염기를 임의로 다른 염기로 변이를 시켜, 점돌연변이가 일어난 allele의 경우 1개의 mistching이지만 야생형 allele의 경우 2개의 mismatching이 되도록 하여 그만큼 기질 특이성을 향상시켜 판별력을 높일 수 있도록 고안한 기술이다. 또한, 피리미딘과 퓨린염기 중 어떤 염기로 변이를 유도하느냐에 따라 allele-specific 밴드의 판별력에 변이가 크므로 수많은 조합의 프라이머를 제작하여 실험을 수행하여 가장 적합한 조합을 찾아야 한다.
따라서, Han 등(2016b)도 시장에서 혼·오용으로 문제가 대두되고 있는 대표적인 약용작물로 하수오(
이러한 선행연구 경험을 이용하여 저자들은 국내·외에서 수집한 당귀 계통에 대한 ARMS-PCR용 판별 마커를 개발할 수 있었다. 국내 자생종인 참당귀(
HRM curve 패턴 분석기술은 온도에 따라 DNA가 보유하고 있는 고유의 녹는점(melting temperature, Tm)을 이용하여 온도에 따른 meting curve 패턴을 상호 비교하여 판별하는 기술로 post-PCR melting curve 분석 기술이라고도 한다(Han et al. 2015; Kim et al. 2018). 판별하고자 하는 종의 특정 유전자 단편 내 단일염기다형성을 확인한 다음 가장 많은 단일염기다형성을 포함하도록 하여 약 200 bp가 증폭될 수 있는 범용 프라이머를 제작하여 분석하고자 하는 계통들의 염색체 DNA를 주형으로 하여 먼저 목표 DNA를 증폭한다. 이때 PCR 반응용액에 형광염색물질(C Green PLUS, Eva green, SYT09, ResoLight 등)을 넣고 초당 0.01~0.2℃씩 서서히 온도를 올리면서 나타나는 발색 정도를 조사한 melting curve 패턴을 상호 비교하면 단 하나의 단일염기다형성을 갖고 있는 DNA 단편의 판별도 가능하다.
HRM curve 패턴 분석기술을 이용하여 하수오(
이러한 선행연구 경험을 이용하여 이 등(2021b)은 국내·외에서 수집한 당귀 계통에 대하여 역시 ITS 영역의 단일염기다형성을 확인한 후 이를 포함하는 약 200 bp 단편을 대상으로 HRM curve 패턴을 비교한 결과 국내 자생종을 포함하여 중국당귀, 일당귀 및 구당귀의 판별이 가능하였다. 특히 국내 자생종인 참당귀와 세발 당귀는 단 하나의 단일염기다형성을 포함하였으나 확연하게 다른 패턴을 나타내어 동 기술의 민감도와 정확도를 확인할 수 있었다. 나아가 수집된 각각의 시료들로부터 분리한 DNA를 대상으로 농도별로 HRM curve 패턴을 비교 조사한 결과 미지의 시료에 대한 농도를 예측할 수 있는 표준곡선의 개발이 가능한 것으로 조사 되었다. 뿐만 아니라, 참당귀의 DNA에 중국당귀, 일당귀, 구당귀 등의 DNA를 동일한 비율로 혼합한 시료와 일정 농도의 다른 당귀 계통을 혼합한 시료를 대상으로 조사한 결과, melting curve 패턴이 참당귀의 단일 DNA를 사용한 경우에 비하여 상대적으로 낮아지는 현상도 확인하였다. 이러한 패턴을 참당귀의 농도별 표준곡선과 비교하면 다른 계통의 혼재 여부와 혼입 농도의 확인도 가능할 것으로 조사되었다.
이상의 연구 결과들을 종합하여 보면 당귀 속에 속하는 참당귀(
본 리뷰에서는 우리나라, 중국, 일본 등에서 각각 그 기원식물을 달리하는 당귀 속 식물 계통의 기원 계통을 판별하기 위한 DNA barcoding 기술의 발전현황에 관하여 조사하였다. 약용작물들에 대한 종의 기원을 판별하기 위하여 단일염기다형성을 이용한 DNA 바코드의 개발에 관한 연구가 활발하게 진행되어왔다. 그러나 가까운 근연종간에는 단일염기다형성을 보이는 염기의 수가 많지 않아 어려움이 있었다. 이러한 문제점을 해결하기 위하여 ARMS-PCR 및 HRM curve 패턴 비교 분석기술 등이 개발되었다. 이들 기술을 적용하여 국내 자생종 및 국외에서 수집된 당귀 계통들에 대하여 이들의 기원을 판별 할 수 있는 조건이 확립되었다. 특히 단 하나의 단일염기다형성을 보이는 국내 자생종인 참당귀와 세발당귀의 판별이 가능하여 향후 현장에 적용이 가능한 실용화 연구가 필요한 것으로 조사되었다. 그러나 이들 연구 결과는 그 기원이 확인된 계통의 시료들을 대상으로 분리한 순수 DNA를 대상으로 조사한 결과로, 현장에서 실용화하기에는 아직 보다 많은 연구가 필요하다. 실제로 일정한 비율로 혼합한 계통들을 대상으로 분리한 DNA를 대상으로 한 후속 연구가 필요하다. 또한, 수확 후 가공 및 처리 방법에 따른 시료들에 대한 후속 연구도 필요하다. 당귀와 같은 약용작물은 건조한 시료, 다양한 가공제품(잼, 잴리, 쥬스 등), 약탕(탕재) 등으로 유통이 되기 때문에 이들에 대한 시료별 적용 가능성에 대한 연구도 필요한 것으로 조사되었다.
Table 1 . List of DNA fingerprinting technology applied to discriminate between
Species | Applied techniques | Major results | Reference |
---|---|---|---|
Nucleotide sequence of ITS region | Identified SNPs within ITS region. | Zhang et al. 2003 | |
Nucleotide sequence of 5S-rRNA spacer region | Identified SNPs within 5S-rRNA spacer region. | Zhao et al. 2003 | |
PCR-mediated fingerprinting, Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) | Identified the Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) among species. | Choi et al. 2004 | |
Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD), inter-simple sequence repeat (ISSR) marker | Differentiated | Mei et al. 2015 | |
Sequence-characterized amplified region (SCAR), RAPD | Identified typical SCAR and RAPD patterns of | Zhang et al. 2015 | |
Microsatellite marker | Analyzed microsatellite markers of 120 samples of | Lu et al. 2015 | |
SCAR marker | Identified a typical SCAR marker for | Noh et al. 2018 | |
Simple sequence repeat (SSR) marker | Identified a typical SSR marker for 56 samples of | Chen et al. 2019 | |
Microsatellite marker | Identified a typical microsatellite marker (Locus AD7) for the discrimination of | Liu et al. 2020a | |
SSR marker | Analyzed SSR markers using transcriptome with 208 samples of | Liu et al. 2020b |
Table 2 . List of DNA barcoding technology applied to discriminate between
Species | Markers | Major results | Reference |
---|---|---|---|
SCAR marker in | Choo et al. 2009 | ||
ITS marker for the authentication of | Feng et al. 2010 | ||
Identified several SNPs within | He et al. 2012 | ||
Identified powerful SNP markers within | Yuan et al. 2015 | ||
Discriminated | Kim et al. 2016 | ||
Discriminated the adulterant of Qianhu ( | Han et al. 2017 | ||
LYCE indel marker | Developed an indel marker that is able to discriminate | Park et al. 2019 |
Shin-Woo Lee ·Soo Jin Lee ·Eun-Hee Han ·Yong-Wook Shin ·Yun-Hee Kim
J Plant Biotechnol 2021; 48(1): 26-33Hyungjun Park·Sujung Kim·Hualin Nie·Jiseong Kim·Jeongeun Lee·Sunhyung Kim
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Journal of
Plant Biotechnology