J Plant Biotechnol 2018; 45(1): 9-16
Published online March 31, 2018
https://doi.org/10.5010/JPB.2018.45.1.009
© The Korean Society of Plant Biotechnology
김윤희, 신용욱, 이신우
국립경상대학교 사범대학 생물교육과 (농업생명과학연구원,
국립경남과학기술대학교 생명과학대학 농학・한약자원학부
Correspondence to : e-mail: shinwlee@gntech.ac.kr
This is an Open-Access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution Non-Commercial License (http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0) which permits unrestricted non-commercial use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original work is properly cited.
The advent of available DNA barcoding technology has been extensively adopted to assist in the reference to differentiate the origin of various medicinal plants species. However, this technology is still far behind the curve of technological advances to be applied in a practical manner in the market to authenticate the counterfeit components or detect the contamination in the admixtures of medicinal plant species. Recently, a high resolution melting curve analysis technique was combined with the procedure of DNA barcoding (Bar-HRM) to accomplish this purpose. In this review, we tried to summarize the current development and bottleneck of processing related to the Bar-HRM technology for the practical application of medicinal plant species’ differentiation in a viable global market. Although several successful results have been reported, there are still many obstacles to be resolved, such as limited number of DNA barcodes and single nucleotide polymorphisms, in particular, only one DNA barcode, internal transcribed sequence (ITS) of ribosomal DNA has been reported in the available nuclear genome. In addition, too few cases have been reported about the identification of counterfeit or contamination with processed medicinal plant products, in particular specifically the case of technology based infusion, jam and jelly products and components in which it is noted that DNA can be thereby degraded during the processing of these products and components.
Keywords Authentication, admixture, Bar-HRM, counterfeits, medicinal plants
현대의학의 지속적인 발전에도 불구하고 약용식물을 이용한 전통 약재, 건강식품, 음료수 등의 세계시장은 꾸준히 증가하고 있다. 전 세계적으로 약용식물은 분류학상 근연관계가 아주 가까운 종에서부터 매우 광범위한 분포도를 보이고 있다. 조사에 의하면 중국에서만 383과(Family), 2,309속(genera)에 속하는 11,146종(species)가 된다고 하였다(Chen et al. 2010). 따라서 전통적으로 알려져 온 이들이 전문가도 구분하기 어려울정도로 형태학적으로 아주 유사한 종들이 많이 존재할 뿐만 아니라 건제품, 분말, 탕약 등의 가공품으로 유통되면서 위품이나 혼입이 될 경우에는 육안으로는 구분이 거의 불가능하다. 국내에서는 물론 세계시장에 이들 제품이 진출하기 위하여서는 위품이나 혼입 등을 방지할 수 있는 보다 과학적이고 체계적인 기술의 개발이 절실한 실정이다.
DNA 바코드(barcode)는 각 생물종을 구분 할 수 있는 일종의 ID 역할을 하는 정보로써, 생명체가 가지고 있는 유전자 중 다른 종과 차이가 있어 종판별에 사용될 수 있는 유전자 영역을 의미 한다. ATGC로 구성된 DNA 염기서열의 배열을 비교함으로써 명확한 종 분류가 가능하다는 장점으로, 오랜 경험이 필요한 형태학적 종 분류법 보다 정확하고 쉬운 종판별에 이용되는 유전정보 분석방법을 DNA 바코딩 기술이라 한다. DNA 바코딩 기술은 수확 후 저장이나 가공 등의 처리과정에도 비교적 분해되지 않고 안전한 물질이기 때문에 특정 생물종의 기원을 판별하는데 많이 이용되어 현재는 동·식물은 물론 곰팡이에 이르기까지 광범위하게 응용되고 있다(Kress and Erikson 2008; Chase and Fay 2009; Chase et al. 2005; Hollingsworth et al. 2009). 동물의 경우에는 미토콘드리아 cytochrome C oxidase I (COI)유전자 단편이 가장 우수한 DNA 바코드로 인정되어 오고 있으나(Hebert et al. 2003), 식물의 경우에는 대부분의 핵 내의 단일 유전자들은 바코드화하기가 어려운 것으로 조사되었으며(Kress et al. 2005), 다양한 엽록체 유전자들에 대한 연구가 활발하게 진행되어 오고 있다. 이러한 추세와 함께 약용식물의 기원을 판별하기 위한 다양한 DNA 바코드들도 지속적으로 보고되고 있는 실정이다(Mishra et al. 2016). 그러나 DNA 바코딩 기술은 실제 현장에서 적용하기가 어려운 여러 가지 단점을 갖고 있다. 즉 모든 시료에 대하여 개별적으로 염기서열을 수행하여 비교분석을 하여야하기 때문에 시간과 비용이 많이 요구되며, 두 가지 이상의 약용식물이 유통시장에서 서로 혼입된 경우에 이들에 대한 DNA를 분리하여 염기서열 분석을 수행할 경우 서로 다른 염기서열의 혼재로 분석결과가 정확하지 않거나 읽을 수 가 없는 경우가 허다하다. 뿐만 아니라 모르는 미지의 약용식물의 혼입여부 또는 위품여부를 판별하기 위하여 모든 게놈의 염기서열을 분석하여 비교하여야 한다.
따라서 최근에는 DNA 바코딩 영역에서 판별하고자 하는 약용식물 종에 대한 염기서열을 비교 분석 한 후 서로 다른 단일염기다형성을 포함하는 allele-specific 프라이머를 제작하여 polymerase chain reaction (PCR)분석으로 나타나는 밴드의 유무로 판별하는 연구결과가 많이 보고되었다 (Kim et al. 2013a; Lee et al. 2017a). 하지만 이 기술의 단점도 첫째는 아주 유사한 종의 경우에 충분한 단일염기다형성을 찾을 수 가 없는 경우가 많으며, 둘째는 단지 하나 혹은 두 개의 단일염기다형성을 이용하여 제작한 20여개의 염기서열로 구성된 프라이머를 사용하여 PCR 반응을 수행할 경우 allele-specific증폭반응에 실패하는 경우가 많아 실용화의 큰 걸림돌이 되고 있다. 따라서 최근에는 allele-specific 프라이머 조합을 디자인할 때 프라이머의 3′-말단에 단일염기다형성이 위치하도록 한 다음 5′-말단 쪽으로 2, 3, 4번째 염기를 임의로 변경하여 디자인함으로서 100% allele-specific annealing만 일어나도록 하여 정확한 allele DNA단편만 증폭이 되도록 한 amplification refractory mutation system (ARMS)-PCR기술을 적용한 연구결과도 지속적으로 보고되고 있다. 예를 들면 형태학적으로 아주 유사하여 위품 또는 혼용이 사회적인 문제로 제기 된바 있는 백수오(
최근에는 보다 신속하고 정확도가 높은 기술을 개발하고자 DNA barcoding (Bar) 기술과 high-resolution melting (HRM) curve pattern 분석기술을 혼합한 Bar-HRM 분석기술을 사용한 연구 보고서가 축적되고 있다. HRM 기법은 Real time PCR을 이용한 분석방법으로 PCR 산물이 DNA 서열에 따라 고유의 Tm (melting temperature)를 갖는 것을 이용한 SNP 분석 기법이다. PCR 산물이 만들어질 때 DNA 이중 가닥에 끼어 들어가는 intercalating dye를 첨가하게 되면 PCR 산물에 끼어 들어가 형광 파장을 방출하게 되며, 이때 온도를 낮은 온도에서 높은 온도로 서서히 올리면 PCR 산물은 고유의 Tm 값에서 이중가닥에서 단일 가닥으로 바뀌게 되고 형광 값이 급격히 떨어지게 된다. 이때의 Tm값의 차이를 구분하여 PCR 산물에서 서열 하나의 차이까지 구분해내는 기법이다. HRM 곡선 패턴 비교분석 기술은 극도로 민감하여 목표로 하는 유전자단편의 복제수가 극히 낮은 경우에도 검출이 가능한 기술로 알려져 병원균등의 검사와 같은 임상진단분야에서 널리 사용되고 있는 기술이다(Er and Chang 2012). 최근 HRM 분석기술은 이질적인 집단에서 돌연변이를 확인하거나 (Krypuy et al. 2006; Montgomery et al. 2007), RNA편집의 확인 및 정량분석(Chateigner-Boutin and Small. 2007), DNA methylation 분석(Wojdacz and Dobrovic, 2009), 단일염기다형성(Single Nucleotide Polymorphism, SNP)의 확인(Wu et al. 2008) 등 그 응용분야가 꾸준히 증가하고 있다.
따라서 본 논문에서는 Bar-HRM 분석기술을 이용한 약용식물의 기원 판별에 관한 연구현황을 조사하고 그 문제점을 파악하고 향후 보다 개선된 기술의 개발을 위한 연구과제들을 논하였다.
약용식물의 기원판별을 위하여 보다 신속하고 효율적인 Bar-HRM 기술을 적용하기 위하여서는 무엇보다도 가장 효율적이고 적용범위가 넓은 DNA 바코드를 확인하는 연구가 먼저 수행되어야 한다. 따라서 현재까지 보고된 약용식물을 대상으로 확인된 DNA 바코드들의 연구결과들을 종합하여 Table 1에 요약하였다.
Table 1 List of DNA barcodes for the authentification of medicinal plant species based on the HRM curve pattern analyses
Target Region Locus/Loci | Plant Species | Country | References |
---|---|---|---|
Finland | Jaakola et al., 2010 | ||
Austria | Mader et al., 2011 | ||
South Korea | Kim et al., 2013 | ||
Greece | Kalivas et al., 2014 | ||
Thailand | Buddhachat et al., 2015 | ||
Thailand | Osathanunkul et al., 2015a | ||
12 closely related | Thailand | Osathanunkul et al., 2015b | |
Austria | Schmiderer et al., 2015 | ||
Thailand | Singtonat and Osathanunkul, 2015 | ||
China | Hu et al., 2015 | ||
China | Song et al., 2016 | ||
South Korea | Han et al., 2016 | ||
Portugal | Costa et al., 2016 | ||
South Korea | Lee et al., 2017 |
이들을 상세하게 검토하여보면, Jaakola et al. (2010)은 진달래과(Ericaceae)에 속하는 bilberry (
Kim et al. (2013b)은 다양한 Panax 종 (
최근에는 다수의 바코드를 이용한 상호교차 검정을 통하여 보다 정확한 판별을 위한 연구보고가 많아지고 있는 추세이다. Buddhachat et al. (2015)은 여우주머니속(
이러한 연구결과를 종합하여 보면 현재까지 전 세계적으로 보고된 약용식물의 기원판별을 위하여 개발된 비코드들은 엽록체 게놈의 경우에는
한약재는 유통시장에서 건제품, 분말, 탕약 등을 비롯하여 캡슐, 환, 티백 등 다양한 제품형태로 유통되고 있기 때문에 외관이나 형태학적 특성으로 이들을 구분하기는 거의 불가능하다. 따라서 비교적 안정된 화합물인 DNA 바코드를 이용한 기술로 종의 기원을 판별하는 연구가 도입되기 시작하였다. 특히 Bar-HRM 분석기술은 특정 DNA 바코드의 염기서열을 분석하여 비교하지 않고도 신속하면서 정확도가 뛰어난 것이 특징이다. 그러나 Bar-HRM 분석기술을 실제 한약재 유통시장에서 적용하기 위하여서는 아직 많은 후속연구가 뒤따라야 한다.
따라서 최근, 한국, 중국, 태국, 핀란드, 오스트리아, 그리이스 등에서 Bar –HRM 분석기술을 유통시장 현장에서 바로 실용화 할 수 있는 기반 구축에 관한 연구결과가 보고되었으며 이들을 종합하여 Table 1과 Table 2에 요약하였다. 아직은 Bar-HRM기술 분석의 초기 단계에 해당하는 연구로 기존에 정부 공인 인증기관 등을 통하여 바우쳐 번호를 부여받은 잘 알려진 특정 약용식물 계통을 표준 시료로 하여 순수 DNA를 분리한 다음 그 유용성이 밝혀진 특정 DNA 바코드를 사용하여 HRM 곡선 패턴을 비교분석하여 특정 종의 판별 가능 여부를 확인하고, 다양한 지역에서 수집한 약용식물 계통 또는 유통시장 등에서 원재료를 크게 손상시키지 않은 건제품 등을 대상으로 위품 또는 혼재 등의 여부를 판별하는 연구가 발표되었다.
Table 2 Application of HRM curve pattern analyses technique for the identification of medicinal plant species
Potential application | Major observation |
---|---|
Rapid identification of the origin for medicinal crops | - ITS I barcode was the most useful for the discrimination of 12 |
- Authentication of 11 collected samples of three different species, | |
- Authentication of Korean–specific ecotypes, | |
Practical application with the market products | - Authentication of target species in capsule, tea bag, and powdered form (Osathanunkul et al. 2015aSingtonat and Osathanunkul. 2015Song et al. 2016). |
- Adulterations of | |
- Authentication of target species commercial herbal infusions (Costa et al. 2016). | |
Quantitative analysis for detecting of contamination with adulterations | - Able to detect a mixture ratio up to 1:200,000. |
- To quantify a specific target by integrating a second ‘‘artificial” target as an internal standard (Mader et al. 2011). | |
- Rapid detection of contamination as low as 1% of other |
예를 들면 태국에서
또한, Han et al. (2016)은 한국의 여러 지역에서 수집한 백수오(
이와 유사한 연구결과로 꾸지뽕(
한편, Bar-HRM 분석기술을 실제 현장에 적용하기 위한 응용 연구로 티백, 분말, 캡슐제품으로부터 특정 한약재의 위품 또는 혼용을 확인한 연구결과의 예를 보면 다음과 같다(Table 2). 최근에 태국의 전통약재 목록(National List of Essentials Medicine, NLEM)에 등재된 3종류의
이와 유사한 연구결과로 역시 태국에서 ‘Rang Chuet’ 라는 전통약재로 함께 혼용되고 있는
한편, Schmiderer et al. (2015)은 메리골드(
마지막으로 Bar-HRM 분석기술을 적용하여 전통약재를 가공하여 시판되는 제품에 혼입된 특정 종의 혼입율을 보다 정확하게 측정하기 위한 연구결과로 Mader et al.(2011)은 “Black Hellebore”라고 호칭되는 두 종 즉
Bar-HRM 분석기술의 가장 큰 단점 중의 하나는 미지의 위품의 검출은 한계가 있다는 것이다. 그 이유는 모든 종에 결합하여 반응을 할 수 있는 광역 프라어미 조합을 제작할 수가 없기 때문이다. 그러므로 검출하고자 하는 위품에 대한 프라이머를 기존에 알려진 DNA바코드를 검색하여 디자인하거나 아니면 분류학적으로 동일한 속 또는 과에 속하는 종의 염기서열 데이터베이스를 근거로 디자인하여야만 한다. 또한 약 200bp 내외의 짧은 단편을 사용하기 때문에 현재까지 알려진 DNA 바코드를 사용한 연구보고서를 종합하여 보면 이렇게 짧은 단편 내에서 상호 판별이 가능한 다수의 단일염기다형성을 찾기가 어렵다는 것이다. 따라서 앞으로 목표로 하는 약용식물과 관련된 유사 종들에 대하여 유용한 DNA 바코드를 보다 많이 확보하여야 할 것이다. 특히 최근에 발전된 Next Generation Sequencing(NGS), Whole Genome Sequencing (WGS) 기술 등의 도입으로 보다 다양한 단일염기다형성을 찾아야 한다. 또한 Sequence Tagged Site marker들을 사용하여 그 응용을 확대하는 연구 또한 필요할 것이다(Kamel et al. 2015).
또 다른 큰 문제는 약용식물이 가공되어 만든 제품 속의 DNA 단편이 분해되어 분리가 안 되는 경우에는 동 기술을 사용할 수 가 없다는 것이다. 대부분의 건제품이나 분말 제품 등은 문제가 없으나 끓는 물을 사용하여 추출하여 제조한 약탕, 잼, 젤리, 쥬스 등의 제품에서는 일부 DNA가 분해되어 분리가 어렵다는 연구보고서가 있다. 하지만 Bar-HRM 분석기술은 단지 200 bp 내외의 짧은 DNA 단편만 존재하면 문제가 없으므로 성공할 수 있다고 하겠다. 따라서 보다 많은 가공품을 대상으로 보다 많은 DNA바코드를 사용하면 한약재의 유통시장에서 끊임없이 제기되고 있는 위품 또는 혼용 여부를 판별 할 수 있는 과학적인 기술을 적용할 수가 있을 것으로 전망된다.
DNA 바코딩 기술은 다양한 약용식물 종들의 기원을 확인하기 위해 폭넓게 이용되고 있는 연구방법이다. 그러나, 시중에 판매되고 있는 유사 식물종을 재료로 사용한 상품이나 혼재되어 있는 상품에서 확인하고자 하는 약용식물을 선별 가능한 실질적인 기술의 개발은 아직 많이 미흡한 실정이다. 최근에는 보다 신속하고 정확도가 높은 기술을 개발하고자 DNA barcoding (Bar) 기술과 high–resolution melting (HRM) curve pattern 분석기술을 혼합한 Bar-HRM 분석기술을 이용한 연구가 진행 중에 있다. 본 리뷰논문에서는 국제적인 시장에서 다양한 기원의 약용식물 판별에 실질적으로 적용 가능한 Bar-HRM 기술의 최근의 발전 과정과 그 이용에 대해서 정리하였다. 다양한 연구들을 통해서 일부 성공적인 결과들이 보고되고 있지만, 제한된 DNA 바코드 및 단일염기다형성(Single Nucleotide Polymorphism, SNP) 등 아직 해결되어야 할 과제들이 많다. 특히, 핵 내 바코드로는 ribosomal DNA의 internal transcribed sequence (ITS)단편 이외에는 보고된 사례가 한건도 없었다. 또한, 약용식물을 끓는 물로 추출하여 가공한 약탕, 잼, 젤리, 쥬스 등의 제품은 DNA 단편이 분해되어 분리가 안 되는 경우에는 DNA바코딩 기술을 적용하기가 곤란한 것으로 알려져 있으나 비교적 짧은 DNA단편이 요구되는 Bar-HRM 분석기술을 이용하여 일부 성공한 보고도 있어 향후 그 응용사례가 증가할 것으로 전망된다.
본 연구는 2017년도 경남과학기술대학교 대학회계 연구비지원에 의하여 연구되었음.
J Plant Biotechnol 2018; 45(1): 9-16
Published online March 31, 2018 https://doi.org/10.5010/JPB.2018.45.1.009
Copyright © The Korean Society of Plant Biotechnology.
김윤희, 신용욱, 이신우
국립경상대학교 사범대학 생물교육과 (농업생명과학연구원,
국립경남과학기술대학교 생명과학대학 농학・한약자원학부
Yun-Hee Kim, Yong-Wook Shin, and Shin-Woo Lee
Department of Biology Education, College of Education, IALS, Gyeongsang National University, Jinju, Korea,
Department of Agronomy & Medicinal Plant Resources, Gyeongnam National University of Science & Technology, JinJu, Korea
Correspondence to:e-mail: shinwlee@gntech.ac.kr
This is an Open-Access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution Non-Commercial License (http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0) which permits unrestricted non-commercial use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original work is properly cited.
The advent of available DNA barcoding technology has been extensively adopted to assist in the reference to differentiate the origin of various medicinal plants species. However, this technology is still far behind the curve of technological advances to be applied in a practical manner in the market to authenticate the counterfeit components or detect the contamination in the admixtures of medicinal plant species. Recently, a high resolution melting curve analysis technique was combined with the procedure of DNA barcoding (Bar-HRM) to accomplish this purpose. In this review, we tried to summarize the current development and bottleneck of processing related to the Bar-HRM technology for the practical application of medicinal plant species’ differentiation in a viable global market. Although several successful results have been reported, there are still many obstacles to be resolved, such as limited number of DNA barcodes and single nucleotide polymorphisms, in particular, only one DNA barcode, internal transcribed sequence (ITS) of ribosomal DNA has been reported in the available nuclear genome. In addition, too few cases have been reported about the identification of counterfeit or contamination with processed medicinal plant products, in particular specifically the case of technology based infusion, jam and jelly products and components in which it is noted that DNA can be thereby degraded during the processing of these products and components.
Keywords: Authentication, admixture, Bar-HRM, counterfeits, medicinal plants
현대의학의 지속적인 발전에도 불구하고 약용식물을 이용한 전통 약재, 건강식품, 음료수 등의 세계시장은 꾸준히 증가하고 있다. 전 세계적으로 약용식물은 분류학상 근연관계가 아주 가까운 종에서부터 매우 광범위한 분포도를 보이고 있다. 조사에 의하면 중국에서만 383과(Family), 2,309속(genera)에 속하는 11,146종(species)가 된다고 하였다(Chen et al. 2010). 따라서 전통적으로 알려져 온 이들이 전문가도 구분하기 어려울정도로 형태학적으로 아주 유사한 종들이 많이 존재할 뿐만 아니라 건제품, 분말, 탕약 등의 가공품으로 유통되면서 위품이나 혼입이 될 경우에는 육안으로는 구분이 거의 불가능하다. 국내에서는 물론 세계시장에 이들 제품이 진출하기 위하여서는 위품이나 혼입 등을 방지할 수 있는 보다 과학적이고 체계적인 기술의 개발이 절실한 실정이다.
DNA 바코드(barcode)는 각 생물종을 구분 할 수 있는 일종의 ID 역할을 하는 정보로써, 생명체가 가지고 있는 유전자 중 다른 종과 차이가 있어 종판별에 사용될 수 있는 유전자 영역을 의미 한다. ATGC로 구성된 DNA 염기서열의 배열을 비교함으로써 명확한 종 분류가 가능하다는 장점으로, 오랜 경험이 필요한 형태학적 종 분류법 보다 정확하고 쉬운 종판별에 이용되는 유전정보 분석방법을 DNA 바코딩 기술이라 한다. DNA 바코딩 기술은 수확 후 저장이나 가공 등의 처리과정에도 비교적 분해되지 않고 안전한 물질이기 때문에 특정 생물종의 기원을 판별하는데 많이 이용되어 현재는 동·식물은 물론 곰팡이에 이르기까지 광범위하게 응용되고 있다(Kress and Erikson 2008; Chase and Fay 2009; Chase et al. 2005; Hollingsworth et al. 2009). 동물의 경우에는 미토콘드리아 cytochrome C oxidase I (COI)유전자 단편이 가장 우수한 DNA 바코드로 인정되어 오고 있으나(Hebert et al. 2003), 식물의 경우에는 대부분의 핵 내의 단일 유전자들은 바코드화하기가 어려운 것으로 조사되었으며(Kress et al. 2005), 다양한 엽록체 유전자들에 대한 연구가 활발하게 진행되어 오고 있다. 이러한 추세와 함께 약용식물의 기원을 판별하기 위한 다양한 DNA 바코드들도 지속적으로 보고되고 있는 실정이다(Mishra et al. 2016). 그러나 DNA 바코딩 기술은 실제 현장에서 적용하기가 어려운 여러 가지 단점을 갖고 있다. 즉 모든 시료에 대하여 개별적으로 염기서열을 수행하여 비교분석을 하여야하기 때문에 시간과 비용이 많이 요구되며, 두 가지 이상의 약용식물이 유통시장에서 서로 혼입된 경우에 이들에 대한 DNA를 분리하여 염기서열 분석을 수행할 경우 서로 다른 염기서열의 혼재로 분석결과가 정확하지 않거나 읽을 수 가 없는 경우가 허다하다. 뿐만 아니라 모르는 미지의 약용식물의 혼입여부 또는 위품여부를 판별하기 위하여 모든 게놈의 염기서열을 분석하여 비교하여야 한다.
따라서 최근에는 DNA 바코딩 영역에서 판별하고자 하는 약용식물 종에 대한 염기서열을 비교 분석 한 후 서로 다른 단일염기다형성을 포함하는 allele-specific 프라이머를 제작하여 polymerase chain reaction (PCR)분석으로 나타나는 밴드의 유무로 판별하는 연구결과가 많이 보고되었다 (Kim et al. 2013a; Lee et al. 2017a). 하지만 이 기술의 단점도 첫째는 아주 유사한 종의 경우에 충분한 단일염기다형성을 찾을 수 가 없는 경우가 많으며, 둘째는 단지 하나 혹은 두 개의 단일염기다형성을 이용하여 제작한 20여개의 염기서열로 구성된 프라이머를 사용하여 PCR 반응을 수행할 경우 allele-specific증폭반응에 실패하는 경우가 많아 실용화의 큰 걸림돌이 되고 있다. 따라서 최근에는 allele-specific 프라이머 조합을 디자인할 때 프라이머의 3′-말단에 단일염기다형성이 위치하도록 한 다음 5′-말단 쪽으로 2, 3, 4번째 염기를 임의로 변경하여 디자인함으로서 100% allele-specific annealing만 일어나도록 하여 정확한 allele DNA단편만 증폭이 되도록 한 amplification refractory mutation system (ARMS)-PCR기술을 적용한 연구결과도 지속적으로 보고되고 있다. 예를 들면 형태학적으로 아주 유사하여 위품 또는 혼용이 사회적인 문제로 제기 된바 있는 백수오(
최근에는 보다 신속하고 정확도가 높은 기술을 개발하고자 DNA barcoding (Bar) 기술과 high-resolution melting (HRM) curve pattern 분석기술을 혼합한 Bar-HRM 분석기술을 사용한 연구 보고서가 축적되고 있다. HRM 기법은 Real time PCR을 이용한 분석방법으로 PCR 산물이 DNA 서열에 따라 고유의 Tm (melting temperature)를 갖는 것을 이용한 SNP 분석 기법이다. PCR 산물이 만들어질 때 DNA 이중 가닥에 끼어 들어가는 intercalating dye를 첨가하게 되면 PCR 산물에 끼어 들어가 형광 파장을 방출하게 되며, 이때 온도를 낮은 온도에서 높은 온도로 서서히 올리면 PCR 산물은 고유의 Tm 값에서 이중가닥에서 단일 가닥으로 바뀌게 되고 형광 값이 급격히 떨어지게 된다. 이때의 Tm값의 차이를 구분하여 PCR 산물에서 서열 하나의 차이까지 구분해내는 기법이다. HRM 곡선 패턴 비교분석 기술은 극도로 민감하여 목표로 하는 유전자단편의 복제수가 극히 낮은 경우에도 검출이 가능한 기술로 알려져 병원균등의 검사와 같은 임상진단분야에서 널리 사용되고 있는 기술이다(Er and Chang 2012). 최근 HRM 분석기술은 이질적인 집단에서 돌연변이를 확인하거나 (Krypuy et al. 2006; Montgomery et al. 2007), RNA편집의 확인 및 정량분석(Chateigner-Boutin and Small. 2007), DNA methylation 분석(Wojdacz and Dobrovic, 2009), 단일염기다형성(Single Nucleotide Polymorphism, SNP)의 확인(Wu et al. 2008) 등 그 응용분야가 꾸준히 증가하고 있다.
따라서 본 논문에서는 Bar-HRM 분석기술을 이용한 약용식물의 기원 판별에 관한 연구현황을 조사하고 그 문제점을 파악하고 향후 보다 개선된 기술의 개발을 위한 연구과제들을 논하였다.
약용식물의 기원판별을 위하여 보다 신속하고 효율적인 Bar-HRM 기술을 적용하기 위하여서는 무엇보다도 가장 효율적이고 적용범위가 넓은 DNA 바코드를 확인하는 연구가 먼저 수행되어야 한다. 따라서 현재까지 보고된 약용식물을 대상으로 확인된 DNA 바코드들의 연구결과들을 종합하여 Table 1에 요약하였다.
Table 1 . List of DNA barcodes for the authentification of medicinal plant species based on the HRM curve pattern analyses.
Target Region Locus/Loci | Plant Species | Country | References |
---|---|---|---|
Finland | Jaakola et al., 2010 | ||
Austria | Mader et al., 2011 | ||
South Korea | Kim et al., 2013 | ||
Greece | Kalivas et al., 2014 | ||
Thailand | Buddhachat et al., 2015 | ||
Thailand | Osathanunkul et al., 2015a | ||
12 closely related | Thailand | Osathanunkul et al., 2015b | |
Austria | Schmiderer et al., 2015 | ||
Thailand | Singtonat and Osathanunkul, 2015 | ||
China | Hu et al., 2015 | ||
China | Song et al., 2016 | ||
South Korea | Han et al., 2016 | ||
Portugal | Costa et al., 2016 | ||
South Korea | Lee et al., 2017 |
이들을 상세하게 검토하여보면, Jaakola et al. (2010)은 진달래과(Ericaceae)에 속하는 bilberry (
Kim et al. (2013b)은 다양한 Panax 종 (
최근에는 다수의 바코드를 이용한 상호교차 검정을 통하여 보다 정확한 판별을 위한 연구보고가 많아지고 있는 추세이다. Buddhachat et al. (2015)은 여우주머니속(
이러한 연구결과를 종합하여 보면 현재까지 전 세계적으로 보고된 약용식물의 기원판별을 위하여 개발된 비코드들은 엽록체 게놈의 경우에는
한약재는 유통시장에서 건제품, 분말, 탕약 등을 비롯하여 캡슐, 환, 티백 등 다양한 제품형태로 유통되고 있기 때문에 외관이나 형태학적 특성으로 이들을 구분하기는 거의 불가능하다. 따라서 비교적 안정된 화합물인 DNA 바코드를 이용한 기술로 종의 기원을 판별하는 연구가 도입되기 시작하였다. 특히 Bar-HRM 분석기술은 특정 DNA 바코드의 염기서열을 분석하여 비교하지 않고도 신속하면서 정확도가 뛰어난 것이 특징이다. 그러나 Bar-HRM 분석기술을 실제 한약재 유통시장에서 적용하기 위하여서는 아직 많은 후속연구가 뒤따라야 한다.
따라서 최근, 한국, 중국, 태국, 핀란드, 오스트리아, 그리이스 등에서 Bar –HRM 분석기술을 유통시장 현장에서 바로 실용화 할 수 있는 기반 구축에 관한 연구결과가 보고되었으며 이들을 종합하여 Table 1과 Table 2에 요약하였다. 아직은 Bar-HRM기술 분석의 초기 단계에 해당하는 연구로 기존에 정부 공인 인증기관 등을 통하여 바우쳐 번호를 부여받은 잘 알려진 특정 약용식물 계통을 표준 시료로 하여 순수 DNA를 분리한 다음 그 유용성이 밝혀진 특정 DNA 바코드를 사용하여 HRM 곡선 패턴을 비교분석하여 특정 종의 판별 가능 여부를 확인하고, 다양한 지역에서 수집한 약용식물 계통 또는 유통시장 등에서 원재료를 크게 손상시키지 않은 건제품 등을 대상으로 위품 또는 혼재 등의 여부를 판별하는 연구가 발표되었다.
Table 2 . Application of HRM curve pattern analyses technique for the identification of medicinal plant species.
Potential application | Major observation |
---|---|
Rapid identification of the origin for medicinal crops | - ITS I barcode was the most useful for the discrimination of 12 |
- Authentication of 11 collected samples of three different species, | |
- Authentication of Korean–specific ecotypes, | |
Practical application with the market products | - Authentication of target species in capsule, tea bag, and powdered form (Osathanunkul et al. 2015a,Singtonat and Osathanunkul. 2015,Song et al. 2016). |
- Adulterations of | |
- Authentication of target species commercial herbal infusions (Costa et al. 2016). | |
Quantitative analysis for detecting of contamination with adulterations | - Able to detect a mixture ratio up to 1:200,000. |
- To quantify a specific target by integrating a second ‘‘artificial” target as an internal standard (Mader et al. 2011). | |
- Rapid detection of contamination as low as 1% of other |
예를 들면 태국에서
또한, Han et al. (2016)은 한국의 여러 지역에서 수집한 백수오(
이와 유사한 연구결과로 꾸지뽕(
한편, Bar-HRM 분석기술을 실제 현장에 적용하기 위한 응용 연구로 티백, 분말, 캡슐제품으로부터 특정 한약재의 위품 또는 혼용을 확인한 연구결과의 예를 보면 다음과 같다(Table 2). 최근에 태국의 전통약재 목록(National List of Essentials Medicine, NLEM)에 등재된 3종류의
이와 유사한 연구결과로 역시 태국에서 ‘Rang Chuet’ 라는 전통약재로 함께 혼용되고 있는
한편, Schmiderer et al. (2015)은 메리골드(
마지막으로 Bar-HRM 분석기술을 적용하여 전통약재를 가공하여 시판되는 제품에 혼입된 특정 종의 혼입율을 보다 정확하게 측정하기 위한 연구결과로 Mader et al.(2011)은 “Black Hellebore”라고 호칭되는 두 종 즉
Bar-HRM 분석기술의 가장 큰 단점 중의 하나는 미지의 위품의 검출은 한계가 있다는 것이다. 그 이유는 모든 종에 결합하여 반응을 할 수 있는 광역 프라어미 조합을 제작할 수가 없기 때문이다. 그러므로 검출하고자 하는 위품에 대한 프라이머를 기존에 알려진 DNA바코드를 검색하여 디자인하거나 아니면 분류학적으로 동일한 속 또는 과에 속하는 종의 염기서열 데이터베이스를 근거로 디자인하여야만 한다. 또한 약 200bp 내외의 짧은 단편을 사용하기 때문에 현재까지 알려진 DNA 바코드를 사용한 연구보고서를 종합하여 보면 이렇게 짧은 단편 내에서 상호 판별이 가능한 다수의 단일염기다형성을 찾기가 어렵다는 것이다. 따라서 앞으로 목표로 하는 약용식물과 관련된 유사 종들에 대하여 유용한 DNA 바코드를 보다 많이 확보하여야 할 것이다. 특히 최근에 발전된 Next Generation Sequencing(NGS), Whole Genome Sequencing (WGS) 기술 등의 도입으로 보다 다양한 단일염기다형성을 찾아야 한다. 또한 Sequence Tagged Site marker들을 사용하여 그 응용을 확대하는 연구 또한 필요할 것이다(Kamel et al. 2015).
또 다른 큰 문제는 약용식물이 가공되어 만든 제품 속의 DNA 단편이 분해되어 분리가 안 되는 경우에는 동 기술을 사용할 수 가 없다는 것이다. 대부분의 건제품이나 분말 제품 등은 문제가 없으나 끓는 물을 사용하여 추출하여 제조한 약탕, 잼, 젤리, 쥬스 등의 제품에서는 일부 DNA가 분해되어 분리가 어렵다는 연구보고서가 있다. 하지만 Bar-HRM 분석기술은 단지 200 bp 내외의 짧은 DNA 단편만 존재하면 문제가 없으므로 성공할 수 있다고 하겠다. 따라서 보다 많은 가공품을 대상으로 보다 많은 DNA바코드를 사용하면 한약재의 유통시장에서 끊임없이 제기되고 있는 위품 또는 혼용 여부를 판별 할 수 있는 과학적인 기술을 적용할 수가 있을 것으로 전망된다.
DNA 바코딩 기술은 다양한 약용식물 종들의 기원을 확인하기 위해 폭넓게 이용되고 있는 연구방법이다. 그러나, 시중에 판매되고 있는 유사 식물종을 재료로 사용한 상품이나 혼재되어 있는 상품에서 확인하고자 하는 약용식물을 선별 가능한 실질적인 기술의 개발은 아직 많이 미흡한 실정이다. 최근에는 보다 신속하고 정확도가 높은 기술을 개발하고자 DNA barcoding (Bar) 기술과 high–resolution melting (HRM) curve pattern 분석기술을 혼합한 Bar-HRM 분석기술을 이용한 연구가 진행 중에 있다. 본 리뷰논문에서는 국제적인 시장에서 다양한 기원의 약용식물 판별에 실질적으로 적용 가능한 Bar-HRM 기술의 최근의 발전 과정과 그 이용에 대해서 정리하였다. 다양한 연구들을 통해서 일부 성공적인 결과들이 보고되고 있지만, 제한된 DNA 바코드 및 단일염기다형성(Single Nucleotide Polymorphism, SNP) 등 아직 해결되어야 할 과제들이 많다. 특히, 핵 내 바코드로는 ribosomal DNA의 internal transcribed sequence (ITS)단편 이외에는 보고된 사례가 한건도 없었다. 또한, 약용식물을 끓는 물로 추출하여 가공한 약탕, 잼, 젤리, 쥬스 등의 제품은 DNA 단편이 분해되어 분리가 안 되는 경우에는 DNA바코딩 기술을 적용하기가 곤란한 것으로 알려져 있으나 비교적 짧은 DNA단편이 요구되는 Bar-HRM 분석기술을 이용하여 일부 성공한 보고도 있어 향후 그 응용사례가 증가할 것으로 전망된다.
본 연구는 2017년도 경남과학기술대학교 대학회계 연구비지원에 의하여 연구되었음.
Table 1 . List of DNA barcodes for the authentification of medicinal plant species based on the HRM curve pattern analyses.
Target Region Locus/Loci | Plant Species | Country | References |
---|---|---|---|
Finland | Jaakola et al., 2010 | ||
Austria | Mader et al., 2011 | ||
South Korea | Kim et al., 2013 | ||
Greece | Kalivas et al., 2014 | ||
Thailand | Buddhachat et al., 2015 | ||
Thailand | Osathanunkul et al., 2015a | ||
12 closely related | Thailand | Osathanunkul et al., 2015b | |
Austria | Schmiderer et al., 2015 | ||
Thailand | Singtonat and Osathanunkul, 2015 | ||
China | Hu et al., 2015 | ||
China | Song et al., 2016 | ||
South Korea | Han et al., 2016 | ||
Portugal | Costa et al., 2016 | ||
South Korea | Lee et al., 2017 |
Table 2 . Application of HRM curve pattern analyses technique for the identification of medicinal plant species.
Potential application | Major observation |
---|---|
Rapid identification of the origin for medicinal crops | - ITS I barcode was the most useful for the discrimination of 12 |
- Authentication of 11 collected samples of three different species, | |
- Authentication of Korean–specific ecotypes, | |
Practical application with the market products | - Authentication of target species in capsule, tea bag, and powdered form (Osathanunkul et al. 2015aSingtonat and Osathanunkul. 2015Song et al. 2016). |
- Adulterations of | |
- Authentication of target species commercial herbal infusions (Costa et al. 2016). | |
Quantitative analysis for detecting of contamination with adulterations | - Able to detect a mixture ratio up to 1:200,000. |
- To quantify a specific target by integrating a second ‘‘artificial” target as an internal standard (Mader et al. 2011). | |
- Rapid detection of contamination as low as 1% of other |
Endang Rahmat· Youngmin Kang
J Plant Biotechnol 2019; 46(3): 143-157
Journal of
Plant Biotechnology